Né en Bolivie, Fernando Balderrama obtient son diplôme de médecin à Vitoria-ES Brésil en 1984.
Il poursuit une formation postgraduée et une spécialisation en pédiatrie à Genève de 1986 à 1995. Il est chef de clinique à la Clinique de Pédiatrie de Hôpital Cantonal de Genève de 1989 à 1992 et chef de clinique en gastro-entérologie et nutrition pédiatriques de 1993 à 1994, notamment en 1994 et 1995 comme chef de clinique référant pour les transplantations hépatiques des enfants.
FMH en pédiatrie et sous-spécialité en gastro-entérologie pédiatrique.
Il ouvre son cabinet privé en 1995, parallèlement à la charge de pédiatre répondant à la maternité de la Clinique Générale-Beaulieu.